支原体感染使用大环内酯类、四环素类及部分喹诺酮类的抗生素有效。鉴于支原体缺乏细胞壁，故作用于细胞壁的抗生素，如β-内酰胺类抗生素均无效，青霉素类及头孢菌素类皆不可采用。应首选大环内酯类或四环素类抗生素。以往肺炎支原体感染的治疗以红霉素等为首选。但2000年起，在亚洲出现耐大环内酯肺炎支原体，其中日本的耐药率高达69％～73％，中国为69％～97％。喹诺酮类中的环丙沙星和左氧氟沙星等对支原体也有效。具体选用哪种药物，应该在专业医生和药师指导下，根据临床经验和药敏结果综合判断使用，切忌自行用药。