结直肠炎患者可以应用药物进行治疗，常用的药物有氨基水杨酸制剂，柳氮磺吡啶是治疗直肠炎和结肠炎的常用药物，口服以后大部分到达结肠，经肠道细菌分解为5-氨基水杨酸以及磺胺吡啶。有时还会出现一些粒细胞减少，自身免疫性溶血的副作用，使用该药物时应当注意观察。还有的制剂包括美沙拉嗪、奥沙拉嗪和巴柳氮等药物。如果结直肠炎急性发作，还可以加用糖皮质激素，比如氢化可的松或地塞米松进行治疗，还可以应用免疫抑制剂比如硫唑嘌呤进行治疗。