手术是肛瘘唯一有效的治疗方法，其治疗原则是保证肛门功能前提下，处理好肛瘘原发内口即感染的肛隐窝、肛腺导管和肛门腺。但传统手术对高位复杂性肛瘘，就难免会有肛门功能损伤的可能。为此近年来临床上逐渐出现了一些，保护肛门括约肌避免破坏功能的微创手术方法，诸如LIft术式、激光脱管、生物补片填塞、肛瘘栓及肛瘘镜的使用等，都使肛瘘特别是复杂性肛瘘的治疗，取得了较大突破。痛苦小而疗程短，只是治愈率还低于传统手术，应该是技术成熟需要时间。