肛周脓肿最主要的治疗办法是手术治疗，通常根据不同的分型，而选择不同的术式。在临床工作当中，最常见的是肛周脓肿皮下型，病人表现为局部的肿痛，红肿明显，可以在波动最明显的部位进行切开，沿肛周的放射状切口，注意避免损伤肛门括约肌，彻底的引流，术中应该详细的探查，是否合并有内口的存在。因为肛周脓肿主要是由于肛窦炎感染导致的，应该彻底的进行处理，如果遗漏之后，会导致术后肛瘘的发生，并且肛周脓肿的手术以后，应该静脉的抗感染治疗。肛周的特殊解剖部位，每次排便之后还要进行熏洗坐浴，定期进行换药，常用的抗菌药物是头孢类和甲硝唑类的药物，并且每次换药之后，肛门内应该塞入痔疮栓，起到局部消肿止痛的作用。