中医理论认为，肾藏精、主生殖，精子畸形症也多跟肾虚相关，所以应是从温肾壮阳强精为法，辨证施治选用合适的方药。临床常用的有生精胶囊、五子衍宗丸、右归丸、金匮肾气丸、济生肾气丸、麒麟王、肾宝片、复方玄驹胶囊、苁蓉益肾颗粒、六味地黄丸等等。现代医学认为，精子畸形症应查明原因，针对性治疗。如果是男科疾病导致的，比如前列腺炎或其其他泌尿生殖系统的感染，可通过口服抗生素来治疗。如果是精索静脉曲张导致的精子畸形，可服用改善微循环的药物消脱止、迈之灵等。如果是微量元素缺乏的，就要补充钙、锌、硒等微量元素，还要吃一些维生素E、辅酶Q10、左卡尼丁等。