灌肠治疗的适应症是主要适用于保留灌肠和不保留灌肠两方面，不保留灌肠主要用于检查，适用于清肠清不干净但还要做相关检查的肠镜检查，且不能完全耐受的患者，多采用清洁灌肠。如患有慢性肠炎、慢性溃疡性结肠炎、慢性肾功能衰竭、不完全性肠梗阻、肠梗阻的患者需要进行肠道内准备时要采用清洁灌肠。保留灌肠主要用于治疗，在灌肠液中加入一些药物，如加入中成药和激素类药物，对原发病进行灌肠治疗，这时需要保留一段时间，最好是1-2h，才能使药物起效。