肺脓肿最常见的病因考虑为误吸的因素，口腔、鼻腔、口咽等相关的疾病，可因为误吸而出现肺脓肿。其次是血液循环的途径，通常有在体内其他部位的感染灶经血液循环播散到肺内，如腹腔或盆腔以及牙周脓肿的厌氧菌感染，可通过血液循环播散到肺，感染甚至也可引起下肢和盆腔深静脉的血栓、静脉炎或表皮蜂窝组织炎或感染的静脉内导管，吸毒者静脉用药也可引起。感染甚至可含有金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌或者是厌氧菌的感染。有慢性肺部疾病者，可在下呼吸道有化脓性病原菌定殖，如支气管扩张症、囊性纤维化，而并发肺脓肿。