头孢丙烯的不良反应与其他口服头孢类药物相似，主要为胃肠道反应，包括腹泻、恶心、呕吐和腹痛等，亦可发生过敏反应，常见为皮疹、荨麻疹，儿童发生过敏反应较成人多见，在开始治疗后几天内出现停药后几天内消失。其他不良反应少见，包括1.肝胆系统造成转氨酶升高，胆汁淤积等；2.中枢神经系统，如眩晕、头痛、精神紧张。3.血液系统，造成白细胞减少。4.肾脏，造成尿素氮和肌酐升高。5.其他可以造成二重感染、生殖器瘙痒以及阴道炎等情况。