治疗肛乳头肥大一般通过以下两种方法，一种就是手术治疗，适用于肛窦炎反复发作，且肛隐窝内已经形成脓，伴有肛乳头肥大，反复脱出肛门的症状。这种可以行肛乳头肥大切除，如果局部感染成脓，还应当行脓肿切开引流，术后应当给予抗炎止血治疗，可以中药保留灌肠，起到一个抗菌消毒的作用。术后还应当保持大便通畅，避免饮酒，避免饮食一些辛辣刺激的食物，防止肛乳头肥大复发。如果症状不是特别的重，还有一种治疗方式，通过非手术治疗，可以应用一些药物进行治疗，可以用太宁栓塞入肛门，它的主要成分是复方角菜酸酯加氧化锌，可以起到保护直肠黏膜的作用，可以起到抗炎、止血、消肿的作用。还可以应用肛泰栓或者麝香痔疮栓进行治疗。平时还应当进行收腹提肛，先收后放，每次20~30次，每天两次，可以有效的减轻肛乳头肥大引起的临床症状。