由于个体差异以及病因不同，临床上并不存在特效治疗小儿口腔溃疡的药物。对于尖锐的食物导致的口腔溃疡，比如鱼刺划伤口腔黏膜导致的，可以在医生的指导下，通过使用利多卡因凝胶等止痛药物来缓解口腔疼痛的症状。对于免疫因素导致的口腔溃疡。除了在医生的指导下使用以上止痛药物以外，还需要使用免疫抑制剂，比如转移因子等。对于体内缺乏微量元素以及B族维生素导致的口腔溃疡，比如锌元素以及维生素B等，可以在医生的指导下，通过使用促进口腔黏膜愈合的药物，比如口腔溃疡散。并且要注意膳食均衡，必要时可以在医生的指导下，通过服用葡萄糖酸锌口服溶液、复合维生素B来进行治疗。