引起男性上厕所小便痛的疾病，原因如下：第一种，当病原微生物侵入了尿道而引起的炎症，出现男性上厕所小便痛。第二种，前列腺炎的病人，会出现尿频、尿急、尿痛的症状；阴囊、下腹部或会阴部有不适或坠胀疼痛，排尿终末或大便时滴白。第三种，尿道结石或者膀胱结石，由于结石的移动，会出现男性上厕所小便痛。第四种，淋病、非淋球菌性感染，都可以出现男性上厕所小便痛。