肛瘘的最佳治疗方法是选择手术，肛瘘属于一种慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿。有一些肠道的慢性炎症性疾病，比如克隆氏病也容易导致肛门口多发的瘘管形成。另外就是手术，尤其是肛周脓肿的手术以后，局部遗留的瘘管形成，病人也会有明显的肛门潮湿、疼痛、瘙痒、有脓血性的分泌物、有明显的瘘口，挤压有脓血流出。对于表浅性的肛瘘，可以在局部麻醉下进行切除，复杂性的肛瘘应该在硬膜外麻醉下进行切开，内口也需要探查。对于高位的肛瘘，还需要选择挂线疗法，并且在手术以后需要静脉抗感染治疗，定期换药。