致使患者在清晨起来出现腰两侧后面疼痛的原因有以下几点：首先，患者可能得了肾结石，比如肾结石会造成输卵管堵塞，导致尿液排泄出现阻碍，因此会引发腰部疼痛现象。此时可到医院做B超检查，了解结石部位及大小，根据结果进行治疗。其次，患者可能有腰椎间盘突出，会造成局部神经血管有压力，所以会造成上述现象。此时可以通过按摩理疗或推拿方式帮助治疗，改善血液循环，减轻症状。