疱疹性咽峡炎传染性比较强，应该注意隔离治疗，患儿用过的餐具、玩具等需要进行消毒处理，防止交叉感染。患病期间注意休息，多喝温开水，多吃新鲜蔬菜及营养丰富易消化的食物，用于增强身体的抵抗力，忌辛辣、刺激的食物，不要吃过热、过冷的食物。目前对肠道病毒感染尚无特效疗法，主要是对症治疗。注意口腔卫生、保持口腔清洁，可用淡盐水漱口，同时可以用冰硼散等吹敷在咽部以减轻烟疼的症状，口服维生素C及维生素B等。对于轻、中度发热以物理降温为主，体温超过38.5℃以上的，可给予布洛芬等退热药。有高热、惊厥及严重的肌肉疼者，可适当给予镇静剂和止痛剂，抗病毒的治疗药物首选利巴韦林、更昔洛韦、干扰素等等。抗生素对病毒性咽峡炎无效，但是如果考虑合并有细菌感染，可酌情使用抗生素。