脐尿管囊肿在疾病的早期可以选择保守治疗、抗感染治疗，包括中医中药及西药治疗。西药包括青霉素类、红霉素类、大环内酯类、头孢类、头霉素类的抗生素。中药有大黄等药物。效果不确切的时候，也可以做细菌培养，然后调整抗生素剂量及种类等。当症状加重时就需要手术来治疗，完整切除囊肿，避免残留引起复发，术后需要引流脓液，继续抗感染治疗，术后饮食禁辛辣食物一周，多饮水，避免发物，如羊肉等，其它无明显禁忌的食物。