合金弹头X中的隐藏关是合金弹头3中的一些关卡，当时的合金弹头3还没有制作完成，于是称之为隐藏关。现在这些隐藏关不具备玩法上的意思，隐藏关要靠输入指令进入。

1999年的MSX实际上是MS2的一个强化版，没有什么主要的系统修改，合金弹头X每关的背景和BOSS都鲜有变化。