在临床上，治疗肛瘘的药物主要有以下几类。第一，抗生素类，这是治疗肛瘘最常用最主要的药物，主要有头孢类抗生素或者硝基咪唑类抗生素。当然有时候喹诺酮类抗生素也会应用，有的是口服，有的是静脉滴注，有的是涂抹在肛瘘的表面。第二，软化大便的药物，比如乳果糖口服溶液，比如舒泰清，麻仁丸。这类药物可以润滑肠道，软化大便。第三，治疗腹泻的药物，比如说蒙脱石散。因为频繁的腹泻也会诱发肛瘘的发作。第四，止痒的药物，比如说尤卓尔，皮炎平，派瑞松。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。