肛周脓肿的治疗方法分为保守治疗以及手术治疗。其中保守治疗主要是通过抗生素控制脓肿局部的感染，一般适用于身体条件不允许手术或者没条件手术的患者，使用抗生素控制感染可以用左氧氟沙星加甲硝唑静脉滴注。　　另外一种是手术治疗，手术治疗是肛周脓肿最主要的治疗方法，任何的肛周脓肿，只要明确诊断，大多都需要行手术治疗才能完全治愈。手术的方式有一次性根治以及分次手术，一次性根治一般适用于内口位置明确的患者，而分次手术是先行脓肿切开引流，三个月以后形成肛瘘，再行肛瘘根治性手术。