那曲肝素钙注射液是一种抗凝药，因此副作用常见的就是不同部位的出血，尤其是还合并其他危险因素的患者更容易出现出血的症状。还有可能出现转氨酶的升高，通常是一过性的。还有可能会出现注射部位的小水肿，在某些病例中还可以看到硬结的出现，这并不是肝素引起的囊，这些硬结通常数天之后会消失，还有可能会出现注射部位的反应等。在使用那曲肝素钙时应全程的监测血小板的计数，以防血小板过低引起出血。不建议同时使用引起出血风险的药物，比如乙酰水杨酸、非甾体的抗炎药以及噻氯匹定，还有糖皮质激素以及接受口服抗凝药物的患者，这些都需要注意，这样容易产生出血的风险。