衣原体感染引起的疾病有很多，如肺炎、沙眼衣原体感染、泌尿生殖系统感染、性病淋巴肉芽肿等等。对于衣原体感染的治疗主要是抗感染处理，目前首选的药物是大环内脂类的药物和四环素类的药物，也可以使用喹诺酮类的，如左氧氟沙星、莫西沙星等等。但对于内酰胺类、氨基糖苷类等抗生素是没有效果的。另外，如果是生殖系统的感染，还需要注意个人卫生。