自闭症的原因包括：遗传方面，像典型的自闭症，同卵双生子同病率比较高，大于60%以上，遗传度在90%以上；还有环境因素，化学品中毒、重金属超标、病毒感染；在神经生化方面，神经细胞内信号传导异常，神经递质的紊乱，以及神经细胞内离子转运异常与发病有高度的相关性；还有像神经元迁移障碍、神经炎症反应、大脑神经元生成和凋亡的缺陷，与自闭症是有很大的关系。另外，还有神经心理学方面的因素，且中枢某些部位处于低激活状态，导致共情能力的缺陷；还有父母亲围产期病毒感染、早产、父母亲感情长期不和、母亲怀孕期间物质的乱用，都是与发病有一定的关系。总之，自闭症的发病原因目前还不是很清楚。