西地那非副作用不大。但是长期服用会产生依赖性而降低疗效。西地那非的作用主要是抑制血管平滑肌，从而起到扩张血管的作用。除阴茎海绵体和肺血管平滑肌外，西地那非还可作用于血管平滑肌、内脏平滑肌等组织。长期服用西地那非会导致阳痿、早泄。还会引头晕眼花，尤其从事驾驶职业的人谨慎使用。本品服用过多会导致头痛，停药后症状会逐渐缓解。服用西地那非还会导致生殖能力下降，最终导致不孕不育。临床报道长期服用本品还会导致青光眼，所以中老年人谨慎服用。