大豆种子是由种皮和胚构成的，种皮和胚分别占种子重量的8%和92%。种皮位于种子表面，对种子有保护作用。种皮从外向内包括 栅状表皮、表皮下层、薄壁组织和糊粉层。栅状表皮的细胞呈长柱形，壁较厚，排列紧密，外壁附角质层。有的大豆子粒不能吸 水膨胀，即所谓实豆，就是由于栅状表皮细胞结构过于致密， 水分不易透过所致。
表皮下层也称下皮，在栅状细胞的下面，细胞呈I型。当种子吸水时，此层细胞急剧伸长。薄壁组织是由 大小不等的几层扁形薄壁细胞组成。糊粉层含有1层糊粉细胞， 最内层往往残存着压碎了的胚乳细胞。种皮外侧有1条状痕迹成为胳，胳的一端是珠孔，当种子发芽时，胚根从此孔伸出；珠孔 上端颜色稍暗的部分成为幼垄透射处，脐的另一端有一小点，称 为合点，是珠柄维管束与胚连接处的痕迹，有些大豆品种，种皮富有光泽，而另一些则没有光泽。
除品种间存在差异外，也受环境条件的影响，一般在雨量适中，大豆生育后期阳光充足时，种皮光泽好；反之，种皮发暗。有的种子因感染病毒或生育后期阴雨连绵，种皮上会出现褐斑和紫斑；些品种，种皮上有裂纹，称为种皮破裂，这除了与品种特性有关外，气候干旱或成熟后遇雨也常造成这种情况。