黄芩有清热燥湿、清热解毒、凉血安胎的功效。黄芩性寒，是常用的清热燥湿和清热解毒的药，可以清上焦和中焦的实火，比如因胃火上壅而导致的咽痛、牙痛、口腔溃疡、扁桃体肿痛、大便干结、肺热咳嗽等症，可用这味药来清热泻火，常常配合生地黄、玄参、连翘、黄连、生大黄等一起使用，还能解外感表证，常配合荆芥、薄荷。咳嗽较重的可以和桔梗、瓜蒌、杏仁一起使用。黄芩用于肠胃湿热湿热下注而导致的泄泻、痢疾等，还可以用于因中焦湿热淤争而导致的黄疸。患者自己感觉时冷时热、口苦咽干、胸胁苦满、食欲不振、恶心、欲呕等症状，可以用黄芩来配合柴胡、半夏、生姜、甘草、党参等一起使用。比如著名的方剂小柴胡汤，再有黄芩这味药，有凉血安胎的作用。女性在怀孕期间因为胎热不安而出现恶心呕吐、心中烦热、口中吐水、腹部不舒服、饥不欲食等症状，可以用黄芩来配合竹茹、橘皮、生姜、黄连等一起使用。