肛门疼痛用什么药需要根据病情来决定。肛门疼痛的原因有很多，如痔疮、肛周脓肿，所选用的药物是不一样的。如果是痔疮引起的肛门疼痛，如炎性外痔、血栓性外痔，可以使用马应龙痔疮膏，并口服布洛芬止痛。如果是肛周脓肿引起的肛门疼痛，则需要行肛周脓肿切开排脓术，引流出脓液。同时可以口服或者静滴抗生素，如头孢、青霉素类的抗生素，必要时可以口服止疼药。