造成男子射精时候疼的原因比较多，主要考虑有以下几点。第一点就是生殖系统疾病，比如精囊炎、前列腺炎。射精过程中就会刺激到尿道，从而引发射精疼痛的症状。第二点就是尿道结石。如果有尿道结石，在射精的时候也可以引起疼痛。第三点就是频繁的性生活。如果性生活过于频繁，尿道内的粘膜就容易出现水肿，从而在射精的时候出现疼痛。如果有射精疼痛，就需要及时到正规的医疗机构做相关检查来明确病因，比如彩超检查、前列腺液检查等，然后及时进行治疗。