做肠镜前要进行感染四项的检查，包括乙肝、丙肝、艾滋病、梅毒，防止交叉感染。如果做无痛肠镜，还要进行心电图检查，要对心功能进行评估，方可进行麻醉。肠镜准备是肠镜检查是否成功的关键，合格的肠道准备能够减少肠镜操作的难度，并且大大提高肠道息肉、早期肿瘤的检出率。肠镜检查前1-2天要少渣、半流质饮食，当天早晨不能吃饭。肠道清洁剂有多种选择，目前多倾向于使用聚乙二醇电解质散剂来清肠，一般术前4-5小时口服聚乙二醇电解质溶液2000-3000mL，经过多次排便，直到排出清水样的大便，才可以进行肠镜检查。解痉药可以抑制肠蠕动，有利于操作，可术前5-10分钟注射阿托品或者东莨菪碱，但是有前列腺肥大、青光眼、严重心脏病、心律失常的患者禁止使用。