肾结石在排出体外之后，输尿管仍然存在疼痛的原因，主要包括以下几个方面：第一，结石虽然排出了体外，但是在排出的过程中，有可能对输尿管造成一定程度的损伤。在损伤彻底愈合之前，有可能会出现疼痛。第二个方面，结石排出体外的过程中，造成了输尿管黏膜的水肿，引起尿路的梗阻，造成输尿管扩张，肾脏积水，这种情况下也会引起疼痛。第三，结石排出之后，结石引起的并发症并没有完全消失，比如引起的泌尿系感染等等，仍然需要进一步的治疗，有可能引起疼痛。所以说结石排出之后，要及时的复查，判断是否还存在其他的症状。