肛门内部疼痛，是由于细菌感染引起，可以吃抗生素药物，比如头孢类的抗生素药物或者是阿奇霉素、红霉素等药物。肛门内部疼痛，是由于黏膜组织发炎所引起，可以吃5-氨基水杨酸制剂，比如美沙拉嗪肠溶片。患者可以通过中药进行保留灌肠，配合药膏、药栓肛门内给药。疼痛症状明显，还可以适当的吃止疼的药物，进行对症治疗。肛门内部疼痛需要及早的明确原因，一般是进行电子纤维结肠镜的检查、肛周核磁共振的检查、直肠内的超声检查，及时明确诊断，及早进行治疗。