桥本性甲减的治疗主要是应用左甲状腺激素替代治疗。而主要的治疗目标，是将血清的促甲状腺激素和甲状腺激素水平恢复到一个正常的范围内，一般患者通常需要终身服药。治疗的剂量，取决于患者的病情、年龄、体重和个体差异。对于小于50岁的患者，如果既往没有心脏病史，可以尽快的达到一个完全的替代的治疗。对于50岁以上的患者在应用左甲状腺素治疗前的应该常规的检查心脏的状态。对于有心肌缺血的患者其实量应该小调整剂量的过程的应该慢，防止诱发和加重心脏病的发生。治疗期间的每4到六周复查指标，治疗达标后，需要6到12个月复查一次激素水平。