肛瘘大多是由于直肠肛管周围脓肿引起的，有极少数与结核、溃疡性结肠炎、肛管外伤感染、克罗恩病等有关。肛瘘就是位于直肠肛管周围的肉芽肿性管道，直肠肛管周围脓肿是导致该病的主要原因，有可能是由于直肠肛管周围脓肿自行破溃流脓之后症状逐渐减轻消失逐渐慢性化所致，也有可能是行单纯的切开排脓引流术而没有处理内口导致。此外，直肠肛管周围脓肿在术后换药的过程中，如果患者没有积极配合，导致伤口部位桥形愈合，也容易形成肛瘘。极少数肛瘘还有可能是由于肛管的外伤感染、溃疡性结肠炎、结核、恶性肿瘤、克罗恩病等原因导致。