支原体感染早期使用适当的抗菌药物，可减轻症状及缩短病程。本病有自限性，多数病例不经治疗可自愈。大环内酯类抗菌药物为首选，如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素，氟喹诺酮类如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等，四环素类也用于支原体肺炎的治疗。疗程一般2到3周。对剧烈呛咳者应适当的给予镇咳药，若继发细菌感染，可根据痰病原学检查，选用针对性的抗菌药物治疗。