《合金装备崛起复仇》不是谁的第几部，而是战术谍报游戏《合金装备》的外传，讲述的是《合金装备》系列中人气角色雷电的故事。

该作原本计划是讲述雷电在《合金装备2》和《合金装备4》之间的一段时间内发生的事情，但是白金工作室参与后，为了有更广阔的开发空间，将本作的故事时间移动到《合金装备4》结束的几年之后，强化骨骼在世界上飞速发展，产生大量生化电子人，从而影响了整个世界。