射精时龟头疼痛，多为生殖器官的器质性病变所致。尿路感染及性器官感染，男性下尿路感染是导致射精龟头疼痛的最常见原因。包括尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等，感染可引起局部组织充血、水肿、痛阈降低，射精时的一系列规律性收缩，对炎症病灶是一种机械性刺激，常伴随射精动作，出现剧烈疼痛。另外，精囊炎和附睾炎也会造成射精疼痛，这是由于除了本身病变引起的疼痛外，加上分泌液和精子排入输精管，越发会使疼痛加剧。有的患者会发生疼痛性遗精；还有性生活过频；泌尿系结石；泌尿系肿瘤等，都会引起射精时龟头疼。