阴茎有水疱常见的原因如下：1.生殖器疱疹。主要表现为阴茎以及龟头表面有散在分布的疱疹，而且疱疹处会有疼痛、烧灼、不适。这种疾病一般是通过不洁性生活引起，发病后要尽早使用抗病毒药物治疗，常见的有阿昔洛韦。而且在疾病没有完全康复之前，要避免同房。2.阴茎过敏也可表现为局部有水疱。一般在发病前有接触过敏原的病史，长水疱处会感觉瘙痒不适。这种情况主要使用抗过敏药物治疗，而且要避免接触过敏原。