如果怀孕晚期出现咽喉部疼痛，伴有咳嗽这种症状，可以在医生指导下使用药物进行治疗。这种表现很有可能是急性上呼吸道感染，需要结合咽部的体格检查以及血常规检查，来明确感染的具体类型。如果是细菌感染导致的话，建议可以在医生指导下使用敏感类的抗菌素，以青霉素类为主这一类的药物进行治疗，而且这一类的药物不会产生明显的胎儿畸形，如果病情特别严重的话，可以酌情使用糖皮质激素类的药物进行治疗，有利于控制感染，减轻水肿。