几乎所有的肾实质性疾病，都可以做肾穿刺，理论上对于大多数的肾脏疾病，在没有禁忌症的情况下，均应该行肾穿刺检查。国外最近的观点是对于蛋白尿，镜下血尿，不好解释的肾衰竭，以及有肾脏表现的系统性疾病均有肾穿刺的适应症，但是在实际工作中考虑到肾穿刺技术毕竟是一种有创检查，在选择的时候还是要慎重。因此，在临床工作中，可以分为两类，一是可以先治疗后穿刺，二是可以先穿刺后治疗。可以先治疗后穿刺的疾病有急性肾小球肾炎、原发性肾病综合征。必须先穿刺，根据病理再进行治疗的疾病有急进性的肾炎综合征、中老年原发性肾病综合征、急性肾衰竭、继发性的肾小球疾病等。