泌尿系感染应用的药物需要根据具体的病原体来决定的。多数的泌尿系感染是由于大肠杆菌，变形杆菌引起的，药物上主要以革兰氏阴性杆菌为主，例如三代头孢，喹诺酮类药物等等。特殊病原体引起的例如淋球菌，抗生素建议选用青霉素类或者是头孢类药物，例如头孢曲松钠等等。支原体，衣原体引起的可应用大环内酯类或者是四环素里，例如多西环素等。