小儿结膜炎可由细菌、病毒或真菌感染等引起，也可由过敏反应等引起。细菌性结膜炎可分为淋菌性结膜炎以及急性卡他性结膜炎，其中淋球菌性结膜炎多为新生儿出生时由母亲产道感染所致，而急性卡他性结膜炎均可由流感杆菌，肺炎葡萄球菌和金黄色葡萄球菌等感染所致，多发生于冬季和春季。病毒性结膜炎如流行性角结膜炎，可由性病毒8型和19型引起，通过接触传播；流血性出血性结膜炎由微小RNA病毒引起，咽结膜热，又称腺-咽-炎，由腺病毒3型引起。衣原体性结膜炎，如沙眼病原体为沙眼衣原体A、B、Ba及C型，而包涵体性结膜炎由沙眼衣原体中D～K型衣原体感染所致。另外，部分结膜炎可由过敏反应导致如春季卡他性结膜炎，结膜滤泡症以及泡性角结膜炎等，都可由眼部局部变态反应所导致。