具有充分证据牙周致病菌有：伴放线放线杆菌、牙龈卟啉类单胞菌、福塞坦菌，伴放线放线杆菌与侵袭性的牙周炎关系比较密切。牙龈卟啉类单胞菌是慢性牙周病边缘最常见的优势菌，福塞坦菌常在重度牙周炎的附着丧失处、龈下菌斑中检出来。还有一些细菌，如具核羧酸杆菌、中间普氏菌等等都有一定的致病性，这些致病菌能通过多种机制干扰宿主防御能力，引发牙周病组织的破坏。牙菌斑中大多数的细菌为口腔内的正常菌群，对宿主并没有太大的影响，极少数细菌与牙周病的发生发展有密切的关系。