小便时有疼痛感，临床上常见的病因有以下几种：第1种尿路感染。主要是由于各种敏感菌感染而引起尿道粘膜产生炎症、水肿。继而表现为尿频，尿急，尿痛等症状。第2种是膀胱结石或者是尿道结石。多同时伴有尿血，尿流变细的症状。第3种是非淋菌性尿道炎，主要多见于高危性行为，或者是多个性伴侣的患者，和支原体、衣原体感染有关。第四种女性患者的妇科疾病，累积的刺激到尿道时也有可能出现这种情况。所以出现上述症状时需要到泌尿科系统的检查，明确具体的病因。