治疗肛瘘可以通过药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但是不能够彻底的治愈。如果肛瘘合并感染，可以应用针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，比如磺胺类药物、喹诺酮类药物或者二三代头孢菌素，还可以应用抗厌氧菌的药物比如甲硝唑、替硝唑等。治疗肛瘘还可以通过一些中药，常用的药物有托里消毒饮，起到托里透毒的作用，口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，还可以应用一些中成药物，比如补中益气丸，增强机体的免疫力，提高机体的抗病能力。如果患者药物治疗无效，还应当积极的行手术彻底的根除此病。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。