条件致病菌指的是原先不致病的正常菌群，其平衡关系被打破，从而发展成为致病菌。引起这种平衡破坏的原因有很多，比较常见的是菌群失调，如致病菌被杀灭，原先的正常菌群逐渐发展成优势，从而成为致病菌，也有可能是机体免疫功能低下，正常的菌群进入到组织或血液中扩散。还有是定居部位改变，某些细菌离开正常寄居部位进入其它部位，从而感染致病。