子宫内膜异位症治疗的总体目标，是缩减和去除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发。主要包括有替代治疗、药物治疗、手术治疗和联合治疗。需要根据患者的年龄、症状、体征、病变的范围以及对生育的要求，进行个体化的选择治疗。如果症状比较轻或者没有症状的，可以选择期待治疗。有生育要求的轻症患者，明确诊断以后，先行药物治疗。病情比较重的可以行保留生育功能的手术治疗。年轻无生育要求的重症病人，可以行保留卵巢的功能手术治疗并辅以药物治疗。