如果肛乳头发炎，有时会表现为灼热刺痛，排便时因粪便压迫肛隐窝，可以使肛门部疼痛加重。初期不甚剧烈，数分钟内可消失。如果肛门括约肌由于炎症刺激而引起痉挛、收缩，可导致疼痛加剧，短时间出现阵发性刺痛，或疼痛持续数小时，严重者会波及臀部以及股后部。肛乳头发炎还会引起肛门潮湿、骚痒。由于肛隐窝、肛门瓣的炎性水肿，可导致肛门闭锁不全，出现肛门潮湿、瘙痒，急性期常常伴有大便困难、粪便常常带有少量粘液，通常在排便前流出，有时伴有少量便血，肛乳头发炎有时会导致肛门不适，分泌物增多，局部发生溃疡，还会出现脓血便。