肠炎从病原学可以分为感染性肠炎和非感染性肠炎。一般来说，感染性肠炎常见的如食物中毒，以及一些病原体导致的肠道感染。比如食用有毒的蘑菇、海鲜、被污染的食物等可引起严重的腹泻。肠道感染常见的病原体，包括病毒感染、细菌感染、寄生虫感染。比如说有些小孩容易得轮状病毒引起水样腹泻。非感染性的肠炎常见的如炎症性肠病、放射性肠炎、缺血性肠炎、尿毒症性肠炎等等。其中炎症性肠病目前的病因和发病机制尚未完全明确。