急性肠炎在需要抗感染治疗的基础上，应用肠黏膜保护剂和吸附剂、微生物制剂会效果好。急性肠炎的药物治疗包括：一、肠黏膜保护剂和吸附剂：蒙脱石散有吸附肠道毒素和保护肠黏膜的作用，已被证实在急性腹泻中能够缩短腹泻病程，降低腹泻频率。二、抗感染治疗：大多数不需要抗感染治疗，尤其是病毒引起的急性肠炎，应用抗生素反而会使病程延长，但在有痢疾样腹泻、疑似霍乱合并重度脱水、有免疫缺陷的情况存在、或出现发热、粘液脓血便、持续的致贺菌、沙门菌、弯曲菌感染或原虫感染、发生在老年人、免疫功能低下者、败血症或有假体的患者需要考虑抗生素治疗。常用的抗生素有喹诺酮类，如诺氟沙星、环丙沙星、左氧氟沙星等，对大部分细菌性急性胃肠炎效果较好。三、微生物制剂：肠道益生菌组成的特殊活性微生物制剂对人体健康有益，适用于治疗腹泻病，尤其是对病毒感染导致的水样腹泻具有显著疗效。四、止泻剂：可应用于无侵袭性腹泻症状的轻、中度旅行者腹泻。