慢性结肠炎主要与患者的抵抗力和基因遗传因素等有关。慢性结肠炎主要包括肠结核和炎症性肠病。肠结核是结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染，常继发于肺结核，近年因人类免疫缺陷病毒感染率增高、免疫抑制剂的广泛使用等原因，部分人群免疫力低下，导致本病的发病有所增加。多因患开放性肺结核或喉结核而吞下含菌痰液，或者与开放性肺结核患者共餐，而忽视餐具消毒等而被感染。炎症性肠病是一种多种病因引起的异常免疫介导的肠道慢性及复发性炎症，有终生复发倾向，溃疡性结肠炎和克罗恩病是其主要疾病类型。由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所致，饮食、吸烟、卫生条件，生活方式或暴露于某些不明因素都是可能的环境因素。炎症性肠病的发病机制可概括为：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动难以停止的发作与缓解交替的肠道天然免疫及获得性免疫反应，导致肠黏膜屏障损伤，溃疡经久不愈，炎性增生等病理改变。