打疫苗后手臂疼的原因有以下几点：1.可能是接种的过程对穿刺周围的组织造成损伤，或者穿刺时肌肉因过度紧张而发生痉挛，会引起手臂组织的无菌炎症进而引起疼痛。2.还可能是注射的药物对肌肉产生刺激，随着药物被逐渐吸收，疼痛自然会得到缓解。3.还可能是打疫苗后没有对穿刺的位置做好护理，过早接触水或者其他容易引起感染的物品，导致局部出现感染而引起炎症反应，会有明显的疼痛。注射疫苗时要尽量放松，注射以后可进行轻度的按摩、热敷，不要过早洗澡或者接触水，可有效缓解疼痛。