引起直肠炎的原因有很多，中医上认为，直肠炎的发生多因感受外邪、内蕴大肠、损伤脾胃，脾失健运导致。西医认为免疫异常是造成炎症和损伤的内在因素，患者肠黏膜分泌异常，黏液糖蛋白改变，容易激发一系列抗原特异性免疫反应与炎症变化。有时直肠炎的发生与肠道环境因素也有关系，肠道菌群整体或其产物，在直肠炎的发病中起到重要作用。临床上发现有时直肠炎与遗传因素也有关系，5%-15%的患者血缘亲属患有此病，本病的发生率在种族之间差异显著。